脉冲杀菌设备主要由脉冲发生器、控制开关、进料泵、处理室和冷却系统几部分组成，其中脉冲发生器和处理室是装置的关键部分。处理室两电极一端接高压脉冲电源，另一端接地。采用泵送方式将待杀菌的液态或半液态食品送进处理室，然后经过高压脉冲电场杀菌，处理时会产生一定的热量引起食品升温（一般操作中食品的Zui高温度低于50℃），为了使物料温度不致过高，可以通过冷却系统降温。
1、对象菌的种类不同菌种的微生物对电场的承受能力有很大差别，如革兰氏阴性菌较阳性菌易杀灭；无芽孢菌较有芽孢菌容易被杀灭；处于对数生长期的菌体比处于稳定期的菌体对电场更为敏感。在相同脉冲电场杀菌条件下，食品中常见细菌的存活率排序为：霉菌>乳酸菌>大肠杆菌>酵母。
2、原始活菌数在相同温度下施加同样时间的脉冲，原始活菌数多的食品，其活菌数减少的对数值要大于原始活菌数低的食品。
3、食品的浓度与黏度浓度高、黏度大的食品利用脉冲杀菌时，杀菌效果要受到一定程度的影响，如对浓缩果汁的脉冲杀菌效果不如鲜果汁的杀菌效果好。
4、介质电导率介质电导率会影响放电时的脉冲强度和脉冲次数。介质电导率高的，脉冲频率相应提高，但脉冲宽度随之下降。这意味着即使脉冲数目不变，由于杀菌总时间下降，杀菌效果相应下降。
5、介质pH在脉冲杀菌的前期，pH对杀菌效果的影响不大，但当脉冲数增至一定值时，pH开始显示对杀菌效果的影响。
6、处理温度在24～60℃的温度范围内，脉冲杀菌效果随处理温度的升高而有所提高，其提高程度一般在10倍以内。
7、处理时间在一定时间范围内，随着杀菌时间的延长，对象菌的存活率明显下降，但当下降变得平缓时，即使再延长杀菌时间，杀菌效果也无明显增加。
8、电场强度电场强度对杀菌效果的影响均比以上因素明显，增加电场强度，对象菌的存活率明显下降。电场强度从5Kv/cm增加至25kV/cm时，杀菌对数曲线斜率增加一倍。
